Bilim adamlarının mutlaka ateist olması gerekmez. 2009 Pew anketine göre bilim adamlarının %59'u bir Tanrı'nın veya daha yüksek bir gücün varlığına inanıyor. Yani bilim adamlarının çoğunluğu ateist
değildir . Bu mantıklıdır çünkü bilimde iyi bir bilim insanının tüm dinleri geri çevirmesini gerektirecek temel hiçbir şey yoktur. Bilim ve din varoluşun tamamen farklı yönleriyle ilgilenir. Bilim dine alternatif değildir çünkü o kesinlikle bir din değildir. Bilim bir avuç dahinin dile getirdiği özel bir gelenek değildir. Aslında tek bir altın standart
Bilimsel Yöntem diye bir şey yoktur . Aksine bilim, tekrarlanan gözlemler ve gözlemleri başarılı bir şekilde tahmin eden modellerin uygulanması yoluyla ulaşılan tüm fiziksel gerçekleri kapsayan bir şemsiye terimdir. Bilim kesinlikle gözlemlenebilir dünyayla sınırlıdır ve bu nedenle gözlemlenemeyen herhangi bir alan hakkında söyleyecek hiçbir şeyi yoktur. Bilimin Tanrı'nın var olmadığını kanıtladığını iddia eden bir bilim adamı, zavallı bir bilim adamıdır. Böyle bir bilim adamı, bilimi kendi kişisel dinine dönüştürmüştür. Dürüst ve mantıksal olarak tutarlı bilim adamları özel olarak ateizme veya dine yönelebilirler, ancak bilimin kendisinin agnostik olduğunu biliyorlar. Bilim insanları iyi niyetli olarak ateist olmakta özgürdürler ancak bu onların kişisel inançlarıdır ve bilim tarafından desteklenmemektedir. Bilim gibi katı bir şekilde gözleme dayalı bir metodolojinin, fiziksel olarak gözlemlenemeyen alanlarla ilgili söyleyecek bir şeyi olduğunu iddia etmek kesinlikle mantıksızdır. Din esas olarak fiziksel olarak gözlemlenemeyen varlıklar alanıyla ilgilenir: iyi, kötü, sevgi, nefret, kutsallık, günah, ruh, cennet ve Tanrı. Manevi alem fiziksel gözlemin ötesinde olsa da çoğu din, aydınlanma, ruh, iç ruh, aklın gözü, ilham, bilinç vb. adlar verilen fiziksel olmayan duyular yoluyla insan deneyimi için hala erişilebilir olduğuna inanmaktadır. .
Bilim ve din, farklı araçlar kullanarak farklı varoluş düzlemlerine hitap ettiğinden, birbirlerini dışlamazlar. Bilim-din karşıtlığı yanlış bir ikiliktir. Saf din (siyasi amaçlarla kötüye kullanılan din biçimlerinin aksine) bilimle savaş halinde değildir ve aslında olamaz. Bazı durumlarda bilim ve din birbiriyle çelişiyor gibi görünmektedir, ancak daha yakından incelendiğinde bu vakaların bilimin gözlemlenebilir dünyanın sınırlarının dışına çıktığı veya dini yorumun manevi dünya kapsamının dışına çıktığı örneklerden oluştuğu ortaya çıkar. Örneğin, Hıristiyan İncil'inden küçük bilgiler çıkarmak ve bunları geniş anlamda dünyanın yaşı ve gelişimi hakkındaki bilimsel gerçekler olarak yorumlamak, size hem kötü din hem de kötü bilim olan Yaratılış Bilimi'ni verir. Yaratılış Bilimi hareketi kötü bir dindir çünkü esas olarak manevi, gözlemlenemeyen amaçlara yönelik pasajları alıp bunları geniş bilimsel anlamlara sahip olacak şekilde tahmin etmeye çalışır. Yaratılış Bilimi hareketi de kötü bir bilimdir çünkü ana akım bilim tarafından toplanan gözlemlenen verilerin zenginliğiyle çelişmektedir. Benzer şekilde, beyinle ilgili sinirbilim bulgularını alıp bunları özgür iradenin doğası hakkında geniş iddialarda bulunacak şekilde genişletmek hem kötü bilim hem de kötü dindir.
Bir sanat galerisine gelen iki ziyaretçiyi düşünün: Tom ve Sally. Tom okyanus resmine odaklanmış durumdayken Sally tamamen farklı bir gül resmine bakıyor. Her biri diğerinin bakışından habersiz olacak kadar dalmış durumda. Konuşma bu şekilde ilerliyor.
Tom: "Mavinin ne kadar güzel bir tonu."
Sally: "Ne? Resmin tamamında tek bir mavi çizgi bile yok. Çoğunlukla kırmızı."
Tom: "Kör müsün? Tablonun yarısı mavi. Tablonun sağ alt köşesine, mavinin en parlak olduğu yere bak. Dürüst olmak gerekirse bana bunun mavi olmadığını söyleyemezsin." Sally: "Sağ
üst
köşeyi kastediyorsun herhalde . Sana o köşede bir parça gökyüzü olduğunu söyleyeceğim ama maviden çok gri."
Ziyaretçiler tamamen farklı tablolara baktığı için böyle bir konuşmayla herhangi bir şeyi kanıtlamaya çalışmanın anlamı yok.
Bilim ile din arasında savaş yoktur. Yalnızca kötü bilim ile kötü din arasında savaş vardır. Kötü bilim, bilimsel (gözlemlenebilir) kavramların manevi (gözlemlenemez) alana uygulanmasıdır. Kötü din, manevi kavramların bilimsel alana uygulanmasıdır. Yani sadece bilim ile bilim gibi görünen din arasında olduğu gibi, din ile din gibi görünen bilim arasında da savaş vardır. Tarihsel olarak bilim ile din kisvesini siyasi amaçlar için kullanan siyasi güçler arasında da savaşlar olmuştur, ancak bunun gerçekte manevi alemle ilgilenen saf din ile hiçbir ilgisi yoktur. Bilim ile din arasında temel bir çatışma olduğu yönündeki yanlış düşünce esas olarak üç grup tarafından yayılmaktadır: 1) bilimi dine saldırmak için kullanmaya çalışan din karşıtı gruplar, 2) dini bilime saldırmak için kullanmaya çalışan bilim karşıtı gruplar, ve 3) makale satmak isteyen gazeteciler. Grup 1, dini kötüye kullanma gayretiyle bilimi kötüye kullanan saldırgan ateistleri içermektedir. Grup 2, inançlarına o kadar güvensiz olan ve anlamadıkları her şeyin yanlış olduğunu düşünen dindarları içerir. Grup 3, dramanın sattığını bilen ve bu nedenle bilim ile din arasında çok az şeyin olduğu bir drama yaratmaya istekli gazetecileri içeriyor.